5  Paquets conseillés

Vous trouverez ci-dessous une longue liste de paquets suggérés réaliser des tâches utiles lors d’analyses épidémiologies en R. Vous pouvez copier ce code, l’exécuter, et tous ces paquets seront installés à partir du CRAN et chargés pour être utilisés dans la session R actuelle. Si un paquet est déjà installé, il sera importé pour être utilisé mais pas réinstallé.

Vous pouvez modifier le code avec les symboles # pour exclure les paquets que vous ne voulez pas.

A noter :

Pour voir les versions de R, RStudio et les paquets R utilisés lors de la production de ce manuel, voir la page sur les Notes techniques et choix éditoriaux.

5.1 Paquets disponibles sur le CRAN

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# Liste de paquets R utiles en épidémiologie #
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# Ce script utilise la fonction p_load() du paquet **pacman**, 
# qui installe le paquet si ce dernier n'est pas encore installé sur
# l'ordinateur, et l'importe dans la session active pour l'utiliser 
# s'il est déjà installé.


# S'assure de l'installation du paquet "pacman".
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")


#  Paquets du CRAN
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pacman::p_load(
     
     # Apprendre R
     ############
     learnr,   # tutos interactifs dans le volet tutos de RStudio
     swirl,    # tutoriels interactifs dans la console R
        
     # Gestion des projets et des dossiers
     #############################
     here,     # chemins de fichiers relatifs au dossier racine du projet R
     rio,      # import/export de nombreux types de données
     openxlsx, # import/export de classeurs Excel à feuilles multiples 
     
     # Installation et gestion des paquets
     ################################
     pacman,   # installation et importation des paquets
     renv,     # gérer les versions des paquets lors de collaborations
     remotes,  # installer des paquets provenant de Github
     
     # Paquets généralistes pour gérer les données
     #########################
     tidyverse,    # méta-paquet qui comprend de nombreux paquets pour le traitement et la présentation des données.
          # dplyr : gestion des données
          # tidyr : gestion des données
          # ggplot2 : visualisation de données
          # stringr : travailler avec des chaînes de caractères et des caractères
          # forcats : travailler avec des facteurs 
          # lubridate : travailler avec des dates
          # purrr : itération et travail avec des listes

     linelist,     # nettoyage de linelists
     naniar,       # évaluation des données manquantes
     
     # Statistiques
     ############
     janitor,      # nettoyage des données
     gtsummary,    # création de tableaux descriptifs et statistiques
     rstatix,      # exécution rapide de tests et de résumés statistiques
     broom,        # nettoyage des résultats des régressions
     lmtest,       # likelihood-ratio tests
     easystats,
          # parameters, # alternative pour ordonner les résultats des régressions
          # see,        # alternative pour visualiser les forest plots
     
     # modélisation épidémiologique
     ###################
     epicontacts,    # Analyse des réseaux de transmission
     EpiNow2,        # Estimation de Rt
     EpiEstim,       # Estimation Rt
     projections,    # Projections d'incidence
     incidence2,     # Création d'épicurves et traitement des données d'incidence
     i2extras,       # Fonctions supplémentaires pour le paquet incidence2
     epitrix,        # Fonctions epi utiles
     distcrete,      # Distributions discrètes de délais
     
     
     # graphiques - general
     #################
     #ggplot2,     # inclus dans tidyverse
     cowplot,      # combinaison de graphiques  
     patchwork,  # combinaison de graphiques (alternative à cowplot)     
     RColorBrewer, # échelles de couleurs
     ggnewscale,   # pour ajouter des couches supplémentaires de schémas de couleurs

     # graphiques - types spécifiques
     ########################
     DiagrammeR,  # diagrammes utilisant le langage DOT
     incidence2,  # courbes épidémiques
     gghighlight, # mettre en évidence un sous-ensemble
     ggrepel,     # étiquettes intelligentes
     plotly,      # graphiques interactifs
     gganimate,   # graphiques animés 
     

     # SIG
     ######
     sf,            # pour gérer les données spatiales en utilisant un format Simple Feature
     tmap,          # pour produire des cartes simples, fonctionne à la fois pour les cartes interactives et statiques
     OpenStreetMap, # pour ajouter la carte de base OSM dans la carte ggplot
     spdep,         # statistiques spatiales 
     
     # Rapports automatisés
     #################
     rmarkdown,     # produit des PDFs, des documents Word, des Powerpoints, et des fichiers HTML
     reportfactory, # auto-organisation des sorties R Markdown
     officer,       # création de documents word et powerpoints (alternative à Rmarkdown)
     
     # Tableaux de bord
     ############
     flexdashboard, # création de tableaux de bord (syntaxe Rmarkdown)
     shiny,         # applications web interactives
     
     # Créer des tableaux pour présenter des résultats
     #########################
     knitr,       # Génération de rapports R Markdown et tableaux html
     flextable,   # Tableaux HTML
     # DT,        # Tableaux HTML (alternative)
     # gt,        # Tableaux HTML (alternative)
     # huxtable,  # Tableaux HTML (alternative) 
     
     # Phylogenetique
     ###############
     ggtree,  # visualisation et annotation d'arbres phylogénétiques
     ape,     # analyse phylogénétique et évolutive
     treeio,  # visualision des fichiers phylogénétiques
 
)

5.2 Paquets hébergés sur Github

Vous trouverez ci-dessous les commandes pour installer des paquets directement depuis leur répertoire sur Github.

  • La version de développement de epicontacts contient la possibilité de faire des arbres de transmission avec un axe x temporel.
  • Le paquet epirhandbook contient toutes les données d’exemple pour ce manuel et peut être utilisé pour télécharger la version hors ligne du manuel.
# Paquets à télécharger depuis Github (non disponibles sur CRAN)
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# Version de développement d'epicontacts (pour les chaînes de transmission avec un axe x temporel)
pacman::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")

# Le paquet pour ce manuel, qui comprend toutes les données d'exemple 
pacman::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook")