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# Liste de paquets R utiles en épidémiologie #
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# Ce script utilise la fonction p_load() du paquet **pacman**,
# qui installe le paquet si ce dernier n'est pas encore installé sur
# l'ordinateur, et l'importe dans la session active pour l'utiliser
# s'il est déjà installé.
# S'assure de l'installation du paquet "pacman".
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")
# Paquets du CRAN
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::p_load(
pacman
# Apprendre R
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# tutos interactifs dans le volet tutos de RStudio
learnr, # tutoriels interactifs dans la console R
swirl,
# Gestion des projets et des dossiers
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# chemins de fichiers relatifs au dossier racine du projet R
here, # import/export de nombreux types de données
rio, # import/export de classeurs Excel à feuilles multiples
openxlsx,
# Installation et gestion des paquets
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# installation et importation des paquets
pacman, # gérer les versions des paquets lors de collaborations
renv, # installer des paquets provenant de Github
remotes,
# Paquets généralistes pour gérer les données
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# méta-paquet qui comprend de nombreux paquets pour le traitement et la présentation des données.
tidyverse, # dplyr : gestion des données
# tidyr : gestion des données
# ggplot2 : visualisation de données
# stringr : travailler avec des chaînes de caractères et des caractères
# forcats : travailler avec des facteurs
# lubridate : travailler avec des dates
# purrr : itération et travail avec des listes
# nettoyage de linelists
linelist, # évaluation des données manquantes
naniar,
# Statistiques
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# nettoyage des données
janitor, # création de tableaux descriptifs et statistiques
gtsummary, # exécution rapide de tests et de résumés statistiques
rstatix, # nettoyage des résultats des régressions
broom, # likelihood-ratio tests
lmtest,
easystats,# parameters, # alternative pour ordonner les résultats des régressions
# see, # alternative pour visualiser les forest plots
# modélisation épidémiologique
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# Analyse des réseaux de transmission
epicontacts, # Estimation de Rt
EpiNow2, # Estimation Rt
EpiEstim, # Projections d'incidence
projections, # Création d'épicurves et traitement des données d'incidence
incidence2, # Fonctions supplémentaires pour le paquet incidence2
i2extras, # Fonctions epi utiles
epitrix, # Distributions discrètes de délais
distcrete,
# graphiques - general
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#ggplot2, # inclus dans tidyverse
# combinaison de graphiques
cowplot, # combinaison de graphiques (alternative à cowplot)
patchwork, # échelles de couleurs
RColorBrewer, # pour ajouter des couches supplémentaires de schémas de couleurs
ggnewscale,
# graphiques - types spécifiques
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# diagrammes utilisant le langage DOT
DiagrammeR, # courbes épidémiques
incidence2, # mettre en évidence un sous-ensemble
gghighlight, # étiquettes intelligentes
ggrepel, # graphiques interactifs
plotly, # graphiques animés
gganimate,
# SIG
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# pour gérer les données spatiales en utilisant un format Simple Feature
sf, # pour produire des cartes simples, fonctionne à la fois pour les cartes interactives et statiques
tmap, # pour ajouter la carte de base OSM dans la carte ggplot
OpenStreetMap, # statistiques spatiales
spdep,
# Rapports automatisés
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# produit des PDFs, des documents Word, des Powerpoints, et des fichiers HTML
rmarkdown, # auto-organisation des sorties R Markdown
reportfactory, # création de documents word et powerpoints (alternative à Rmarkdown)
officer,
# Tableaux de bord
############
# création de tableaux de bord (syntaxe Rmarkdown)
flexdashboard, # applications web interactives
shiny,
# Créer des tableaux pour présenter des résultats
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# Génération de rapports R Markdown et tableaux html
knitr, # Tableaux HTML
flextable, # DT, # Tableaux HTML (alternative)
# gt, # Tableaux HTML (alternative)
# huxtable, # Tableaux HTML (alternative)
# Phylogenetique
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# visualisation et annotation d'arbres phylogénétiques
ggtree, # analyse phylogénétique et évolutive
ape, # visualision des fichiers phylogénétiques
treeio,
)
5 Paquets conseillés
Vous trouverez ci-dessous une longue liste de paquets suggérés réaliser des tâches utiles lors d’analyses épidémiologies en R. Vous pouvez copier ce code, l’exécuter, et tous ces paquets seront installés à partir du CRAN et chargés pour être utilisés dans la session R actuelle. Si un paquet est déjà installé, il sera importé pour être utilisé mais pas réinstallé.
Vous pouvez modifier le code avec les symboles #
pour exclure les paquets que vous ne voulez pas.
A noter :
- Installez le paquet pacman avant d’exécuter le code ci-dessous. Vous pouvez le faire avec
install.packages("pacman")
. Dans ce guide, nous mettons l’accent surp_load()
de pacman, qui installe le paquet si nécessaire et l’importe dans la session R actuelle. Vous pouvez également charger des paquets qui sont déjà installés aveclibrary()
depuis base R.
- Dans le code ci-dessous, les paquets qui sont inclus lors de l’installation/de l’import d’un autre paquet sont indiqués par une indentation et un dièse. Par exemple, ggplot2 est listé sous tidyverse.
- Si plusieurs paquets ont des fonctions portant le même nom, un masquage peut se produire lorsque la fonction du paquet le plus récemment chargé prend le dessus. Pour en savoir plus, consultez la page sur les bases de R. Vous pouvez utiliser le paquet conflicted pour gérer de tels conflits de manière explicite.
- Voir la section sur les bases de R sur les paquets pour plus d’informations sur pacman et le masquage.
Pour voir les versions de R, RStudio et les paquets R utilisés lors de la production de ce manuel, voir la page sur les Notes techniques et choix éditoriaux.
5.1 Paquets disponibles sur le CRAN
5.2 Paquets hébergés sur Github
Vous trouverez ci-dessous les commandes pour installer des paquets directement depuis leur répertoire sur Github.
- La version de développement de epicontacts contient la possibilité de faire des arbres de transmission avec un axe x temporel.
- Le paquet epirhandbook contient toutes les données d’exemple pour ce manuel et peut être utilisé pour télécharger la version hors ligne du manuel.
# Paquets à télécharger depuis Github (non disponibles sur CRAN)
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# Version de développement d'epicontacts (pour les chaînes de transmission avec un axe x temporel)
::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")
pacman
# Le paquet pour ce manuel, qui comprend toutes les données d'exemple
::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook") pacman