5  Pacotes sugeridos

Abaixo está uma longa lista de pacotes sugeridos para trabalho epidemiológico comum em R. Você pode copiar este código, executá-lo, e todos estes pacotes serão instalados a partir de CRAN e carregados para uso na sessão R atual. Se um pacote já estiver instalado, ele será carregado apenas para uso.

Você pode modificar o código com símbolos # para excluir qualquer pacote que não queira.

Nota:

Para ver as versões dos pacotes R, RStudio e R utilizados durante a produção deste manual, veja a página em Notas editoriais e técnicas.

5.1 Pacotes do CRAN

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# Lista de pscotes úteis para uso em epidemiologia#
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# Este script usa a função p_load() do pacote R pacman , 
# que  instala se o pacote estiver ausente, e os carrega para uso, se já estiverem instalados


# Garante que o pacman eestá instalado
if (!require("pacman")) install.packages("pacman")


# Pacotes disponíveis no CRAN
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pacman::p_load(
     
     # aprendendo R
     ############
     learnr,   # tutoriais interativos no RStudio 
     swirl,    # tutoriais interetivos no console
        
     # manuseio de projetos e arquivos 
     #############################
     here,     # caminhos relativos de arquivos para a pasta raiz do projeto 
     rio,      # importar/exportar muitos formatos de arquivos
     openxlsx, # importar/exportar planilhas de Excel com várias abas 
     
     # manipulação e instalação de pacotes
     ################################
     pacman,   # instalação e carregamento de pacotes
     renv,     # manipulando versões de pacotes quando trabalhando em grupos 
     remotes,  # instalar pacotes do github 
     
     # Manipulação geral de dados
     #########################
     tidyverse,    # inlcui vários pacotes para arrumação,  manipulação e apresentação de dados. 
          #dplyr,      # manipulação de dados
          #tidyr,      # manipulação de dados
          #ggplot2,    # visualização de dados
          #stringr,    # trabalhar com strings e caracteres
          #forcats,    # trabalhar com fatores
          #lubridate,  # trabalhar com datas
          #purrr       # iteração e trabalhando com listas
     linelist,     # limpando linelists
     naniar,       # assessando valores ausentes
     
     # estatísticas
     ############
     janitor,      # tabelas e limpeza de dados
     gtsummary,    # fazendo tabelas estatísticas e descritivas
     rstatix,      #  fazer estatíticas e resumos rápidos 
     broom,        # arrumar resultados de regressões 
     lmtest,       # testes de razão de likelihood
     easystats,
          # parametros, # alternativa a limpar os resultados de regressões. 
          # see,        # alternativa para vizualizar gráfico de floresta. 
     
     # modelagem de epidemias
     ###################
     epicontacts,  # Analisando rede de transmissão t
     EpiNow2,      # Estimando Rt 
     EpiEstim,     # Estimando Rt 
     projections,  # Projeção de incidencia
     incidence2,   # Fazer epicurvas e manipular dados de incidência. 
     i2extras,     # Funções extra para pacote incidence2 
     epitrix,      # Funções epi úteis
     distcrete,    # Distribuições discretas com delay (atraso)
     
     
     # Gráficos - geral
     #################
     #ggplot2,         # incluso no tidyverse
     cowplot,          # combinando gráficos
     # patchwork,      #combinando gráficos (alternativa)     
     RColorBrewer,     # escala de cores
     ggnewscale,       # adicionar novos esquemas de cores

     
     # Gráficos - tipos específicos
     ########################
     DiagrammeR,       # diagramas utilizando linguagem DOT
     incidence2,       # curvas epidêmicas
     gghighlight,      # highlight um subset
     ggrepel,          # rótulos inteligentes
     plotly,           # gráficos interativos
     gganimate,        # gráficos animados

     
     # gis
     ######
     sf,               # manusear dados espaciais usado o formato Simple Feature 
     tmap,             # produzir mapas simples, funciona tanto com mapas estáticos ou interativos
     OpenStreetMap,    # adicionar base OSM num mapa ggplot
     spdep,            # estatística espacial
     
     # relatórios de rotina
     #################
     rmarkdown,        # produz arquivos em  PDFs, Word, Powerpoint e HTML 
     reportfactory,    # auto-organização de outputs de R Markdown
     officer,          # powerpoint
     
     # dashboards
     ############
     flexdashboard,    # converte um script R Markdown em um dashboard
     shiny,            # web apps interativo
     
     # tabelas para apresentação
     #########################
     knitr,            # Geração de relatório R Markdown e tabelas html 
     flextable,        # Tabelas HTML 
     #DT,              # Tabelas HTML  (alternativa)
     #gt,              # Tabelas HTML  (alternativa)
     #huxtable,        # Tabelas HTML  (alternativa)
     
     # phylogenetics
     ###############
     ggtree,           # visualização e de árvores filogenéticas 
     ape,              # análise e de filogenenia e evolução
     treeio            # visualizar arquivos de filogenia
 
)

5.2 Pacotes do Github

Abaixo estão os comandos para instalar dois pacotes diretamente dos repositórios Github.

A versão de desenvolvimento de epicontacts contém a capacidade de fazer árvores de transmissão com um eixo x temporal
O pacote epirhandbook contém todos os dados de exemplo para este manual e pode ser usado para baixar a versão offline do manual.

# Pacotes para baixar do github (não estão disponíveis no CRAN)
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# Versão de desenvolvimento de epicontacts (para cadeias de transmissão com tempo no  eixo x)
pacman::p_install_gh("reconhub/epicontacts@timeline")

# O pacote para este manual, que inclui todos os dados usados nos exemplos 
pacman::p_install_gh("appliedepi/epirhandbook")